Sowohl die alte Landesregierung als auch der Ex-Oberbürgermeister Wolfgang Schuster haben die beiden Natura 2000 EU-Richtlinien allerdings nicht fristgerecht umgesetzt. Jahrelang wurden die Vorgaben der EU missachtet. In Baden-Württemberg erfolgte die erste Meldung von FFH-Gebieten an die EU im Jahr 2001, die letzte Nachmeldung von FFH-Gebieten dann 2005. Nach dem Konsultationsverfahren 2007 wurde die Vorschlagsliste von Nachmeldungen von Vogelschutzgebieten der EU vorgelegt – erst fast 30 Jahre nach Inkrafttreten der Vogelschutzrichtlinie.
Durch die zögerliche Umsetzung sind mittlerweile bedeutende Lebensräume zerstört und Arten in ihren Beständen bedroht, die durch rasches Handeln hätten erhalten werden können. Sumpfohreule, Blauracke, Große Rohrdommel und Brachpieper sind als Brutvögel in Stuttgart ausgestorben, weil die alte Landesregierung nichts zu ihrem Schutz unternommen hat.
Nach der letzten Kartierung im Rosensteinpark (2002) hat man festgestellt, dass vermehrt gefährdete bzw. streng geschützte Vogelarten wie Hohltaube, Dohle, Grünspecht, und Gelbkopf-Amazone brüten. Auch der europarechtlich streng geschützte Juchtenkäfer kommt mutmaßlich häufiger vor als bei der Kartierung im Jahr 2002 erfasst. Somit dürften laut der EU-Richtlinie "keinerlei Eingriffe in den Lebensraum der geschützten Arten" gemacht werden.
Die Stadt Stuttgart muss für die sogenannten Natura 2000-Gebiete neue Artenschutzgutachten erstellen, und zur Erhaltung und Entwicklung von Natura 2000-Gebieten und ihren Lebensräumen und Arten mit europaweiter Bedeutung wird die Landeshauptstadt verstärkt Fördergelder bewilligen müssen. Natura 2000 bringt neben seinem großen Gewinn für die Natur auch wirtschaftliche Vorteile, z. B. der Verkauf landwirtschaftlicher Produkte mit dem Siegel "Europäisch bedeutsamstes Vogelgebiet" o. Ä. Das Prädikat „Schutzgebiet von europäischer Bedeutung" wird auch bei der Werbung für den Fremdenverkehr oder bei der Ansiedlung von Gewerbe eingesetzt.
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